Neocortex: Yao et al 2020 “Allen Brain Map” (10X genomics mouse)

Search the neuron dataset by Yao et al: GABAergic neurons

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Glutamatergic Neurons
GABAergic Neurons
Non-neuronal cells
Full dataset
Bokeh Plot

Heatmap units: trimmed mean (25%-75%) Log2(CPM+1)

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Original study website: https://celltypes.brain-map.org/rnaseq/mouse_ctx-hpf_10x

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Metacell IDSubtypeOriginNeurotransmitterClass marker
2_Meis2Meis2OtherGABAergicMeis2
3_Meis2Meis2OtherGABAergicMeis2
4_Meis2 HPFMeis2CGEGABAergicMeis2 HPF
5_Lamp5 Lhx6Lamp5CGEGABAergicLamp5 Lhx6
6_Lamp5 Lhx6Lamp5CGEGABAergicLamp5 Lhx6
7_Lamp5 Lhx6Lamp5CGEGABAergicLamp5 Lhx6
8_Lamp5 Lhx6Lamp5CGEGABAergicLamp5 Lhx6
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10_Lamp5Lamp5CGEGABAergicLamp5 Pdlim5
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19_Pax6Pax6CGEGABAergicPax6
20_Pax6Pax6CGEGABAergicPax6
21_SncgSncgCGEGABAergicSncg Serpinf1
22_SncgSncgCGEGABAergicSncg Serpinf1
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25_SncgSncgCGEGABAergicSncg Krt73
26_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
27_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
28_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
29_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
30_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
31_SncgSncgCGEGABAergicSncg Krt73
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35_SncgSncgCGEGABAergicSncg Jam2 Npy2r
36_SncgSncgCGEGABAergicSncg Jam2 Npy2r
37_SncgSncgCGEGABAergicSncg Jam2 Npy2r
38_SncgSncgCGEGABAergicSncg Jam2 Npy2r
39_SncgSncgCGEGABAergicSncg Jam2 Npy2r
40_VipVipCGEGABAergicVip Serpinf1
41_VipVipCGEGABAergicVip Serpinf1
42_VipVipCGEGABAergicVip Pcdh11x
43_VipVipCGEGABAergicVip Pcdh11x
44_VipVipCGEGABAergicVip Mybpc1
45_VipVipCGEGABAergicVip Pcdh11x
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48_VipVipCGEGABAergicVip Cp Rspo1
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70_SstSstMGEGABAergicSst Crh
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78_Sst HPFSst Hippocampal formationMGEGABAergicSst Lmo1 HPF
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108_PvalbPvalbMGEGABAergicPvalb Th
109_PvalbPvalbMGEGABAergicPvalb Th
110_PvalbPvalbMGEGABAergicPvalb Th
111_PvalbPvalbMGEGABAergicPvalb Lpl
112_PvalbPvalbMGEGABAergicPvalb Lpl
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114_PvalbPvalbMGEGABAergicPvalb Lpl
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