Neocortex: Yao et al 2020 “Allen Brain Map” (10X genomics mouse)

Search the neuron dataset by Yao et al: GABAergic neurons

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Bokeh Plot

Heatmap units: trimmed mean (25%-75%) Log2(CPM+1)

Original study website: https://celltypes.brain-map.org/rnaseq/mouse_ctx-hpf_10x

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Metacell IDSubtypeOriginNeurotransmitterClass marker
2_Meis2Meis2OtherGABAergicMeis2
3_Meis2Meis2OtherGABAergicMeis2
4_Meis2 HPFMeis2CGEGABAergicMeis2 HPF
5_Lamp5 Lhx6Lamp5CGEGABAergicLamp5 Lhx6
6_Lamp5 Lhx6Lamp5CGEGABAergicLamp5 Lhx6
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10_Lamp5Lamp5CGEGABAergicLamp5 Pdlim5
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21_SncgSncgCGEGABAergicSncg Serpinf1
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25_SncgSncgCGEGABAergicSncg Krt73
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28_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
29_Ntng1 HPFNdnf Hippocampal formationCGEGABAergicNtng1 HPF
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31_SncgSncgCGEGABAergicSncg Krt73
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36_SncgSncgCGEGABAergicSncg Jam2 Npy2r
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40_VipVipCGEGABAergicVip Serpinf1
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42_VipVipCGEGABAergicVip Pcdh11x
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44_VipVipCGEGABAergicVip Mybpc1
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